prototype.js が IE8 に対応した Prototype 1.6.1 RC2 をリリースしています。
Prototype 1.6.1 RC2: IE8 compatibility, Element storage, and bug fixes
RC なので IE8 対応が必要にならないなら stable 版を使おうかと思います。
IE8 もリリース直後にそこそこインストールされたようですが、サイトブラウジングの問題からダウングレードされたのかシェアは斬減傾向らしいです。
IE8本格普及期には対応しなければいけないのかもしれませんが、それはいつになるのでしょう？