WordPress テンプレートで prototype.js, jQuery…etc などの JavaScriptライブラリを使いたい時にテンプレートにハードコードしてはいけない。
プラグインを作成し JavaScriptライブラリを使いたい時も同じ。

コンフリクトを起こすかもしれないし、同じライブラリを何度も呼び出してしまうかもしれない。

ちゃんと関数が用意されている。

// wp_head の前で使う！
wp_enqueue_script( 'handle', 'src', 'deps', 'ver');
// wp_head を次に - wp_head でライブラリの<script>コードが書出される
wp_head();

Function Reference/wp enqueue script

handle(string)
ライブラリ名（小文字）

src(string)
ライブラリまでのパス – 通常は指定しなくてよい。
添付されているライブラリが最新版というわけではないので、どうしても最新版でないといけないような時に使うのだろう。

deps(array)
- 通常は指定しなくてよい。

ver (string)
- 通常は指定しなくてよい。

handle を指定すればことたりるはず。

// prototype.js and scriptaculous.js
wp_enqueue_script('prototype');
wp_enqueue_script('scriptaculous-effects');
wp_head();

下記のライブラリは WordPress に添付されている。

ちなみに wp_head はなるべく </head> の前に書いておく。
プラグインなどの中にも wp_head を使用してコードを吐き出している場合がある。

テンプレートでは wp_footer(); の記述を忘れないように挿入場所は </body> の前に書くのが吉。